2009年至今，在北大附中整体变革史上，博雅学院一直承担着突破、构建的任务。

• 2010-2011年，根据高考出国的方向，学校的课程以体系展开。博雅学院面向本部出国学生。
• 2012年后，不同体系进化为行知学院、元培学院、博雅学院、道尔顿学院。 博雅学院开设本部出国学生课程。
• 2014年，推进语文改革，语文组短暂归属博雅学院。
• 2017年，语文、历史、政治归属到博雅学院。
• 2018年，语文外语归属博雅学院，历史政治归回行知学院。

2019年9月起，学院事务：

人文项目 面向高中部全体学生，除公共说理为全校必修，其他采用双选制：学生根据个人兴趣选择，项目主管教师发布筛选机制。两年总数量满足两届学生数。 语言文化项目 面向高中全体学生，开设中文创意写作课程，同时引入欧洲为主各国语言文化项目；为学生升入高校后发展提供支持。 原典项目 面向出国学生，依托原典阅读，展开一本书一个网站项目，设计实施北大附中原典阅读项目。 同时，学院负责 北大附中荣誉文凭项目 。